Меню

    Идентификация на новите варианти на SARS-CoV-2 чрез Real-Time PCR

    02.02.2021

    Новият вирусен вариант на SARS-CoV-2 - VOC 202012/01 се разпространява бързо и в България вече бяха идентифицирани десетки случаи на заразени с него. По-високата трансмисивност, характeрна за този вариант, създава опасност от бързо покачване отново на броя на заболелите.

    Част от стратегиите за ограничаване на разпространението му е използването на методи за специфичната идентификация и отдиференциране на новия вариант.

    Наша цел е да повишим информираността относно наличните методики и да представим на Вашето внимание актуалните ни предложения в помощ на идентификацията на новия вирусен вариант.





    1. SARS-CoV-2/ UK/ SA Variant Triplex
    – кит за едновременна детекция на SARS-CoV-2, както и вариант VOC 202012/01 (UK), вариант 501Y.V2 (Южна Африка) и вариант P.1 (Бразилия).

    Обект на детекция са следните таргетни последователности:

    - N ген и RdRp ген – детекция на SARS-CoV-2

    - N501Y – детекция на вариантите VOC 202012/01 (UK), 501Y.V2 (Южна Африка) и P.1 (Бразилия)

    - Del69-70 – детекция на VOC 202012/01 (UK)

    Поради наличието на тези таргетни последователности китът успява да отдиференцира VOC 202012/01 (UK) от другите два варианти.

    2. Кит за детекция на SARS-CoV-2, базиран на 3 таргетни гена: ORF1ab, N и S ген

    Част от насоките за провеждане на по-мащабен скрининг за SARS-CoV-2 VOC 202012/01 е използването на мултитаргетен PCR метод, позволяващ детекцията на S ген, заедно с още два гена, специфични за SARS-CoV-2. Настъпилите изменения в S гена при новия вариант са причина PCR тестовете да не успяват да детектират този таргет при проби иначе положителни за VOC 202012/01. Положителен резултат за ORF1ab и N ген, но отрицателен за S ген, се приема като индикатор за възможна детекция на VOC 202012/01.

    Препоръчително е проби, положителни за ORF1ab и N ген, но отрицателни за S ген, да бъдат селектирани и изпратени за последващо потвърждение чрез секвениране.

    3. COVID-19 Mutation Real-Time PCR Kit е серията ни Real-Time PCR китове за специфична детекция на мутациите в VOC 202012/01, които са с най-голямо биологично и епидемиологично значение.

    Три от мутациите в новия вирусен вариант имат най-голяма роля за наблюдаваната по-висока трансмисивност на вируса - N501Y, 69-70del и P681H. Наличието на тези мутации улеснява навлизането на вируса в човешките клетки.

    N501Y мутацията е локализирана в рецептор-свързващия домейн (RBD) на вируса и повишава афинитета за свързване с ACE2 рецепторите от човешките клетки. N501Y се открива и при другите два нововъзникнали варианта – вариант 501Y.V2 (идентифициран в Южна Африка) и вариант P.1 (идентифициран в Бразилия).

    ECDC препоръчва лабораториите да имплементират методи за детекция на N501Y, 69-70del и P681H като част от стратегиите за детекция на биологично най-значимите варианти.

    Част от серията COVID-19 Mutation Real-Time PCR са следните китове:
    - COVID-19 Mutation N501Y/P681H Multiplex Kit - вариант VOC 202012/01 (UK), вариант 501Y.V2 (Южна Африка) и вариант P.1 (Бразилия)
    - COVID-19 Mutation Del69-70 Simplex Kit - вариант VOC 202012/01 (UK)
    - COVID-19 Mutation N501Y Simplex Kit - вариант VOC 202012/01 (UK), вариант 501Y.V2 (Южна Африка) и вариант P.1 (Бразилия)
    - COVID-19 Mutation P681H Simplex Kit - вариант VOC 202012/01 (UK)
    - COVID-19 Mutation N439K Simplex Kit - вариант N439K
    - COVID-19 Mutation E484K Simplex Kit - вариант 501Y.V2 (Южна Африка) и вариант P.1 (Бразилия)

    Точната и надеждна диагностика е наш основен приоритет и отговорност. Част от портфолиото на RIDACOM вече е и синтетична РНК контрола на новия вариант VOC 202012/01 (B.1.1.7), с която лесно може да проверите възможностите на Вашите диагностични методи да детектират новия вариант. Контролният материал е неинфекциозен и е напълно безопасен за работа.